Non significa metterlo nella root o, più in generale, cambiare il path di installazione.
Il forum non dovrebbe stare dentro ad un iframe.
Per raggiungere il forum sul tuo sito ci arrivo solo con un link:
http://www.tuosito.tld/forum.html
Resta lo stesso link (sulla barra degli indirizzi del browser) anche se clicco su una sezione o su una discussione.. per lo spider non fa differenza e vede una sola pagina.