Mmm non penso sia da imputare al template visto che appena riapri la bozza, come hai scritto, anche da gestione post non vedi più il codice.
Per me è da imputare molto probabilmente a qualche opzione di WordPress che ripulisce il codice per formattare al meglio il contenuto del post.
Boh, è solo un' ipotesi buttata li, sono ancora alla ricerca di una soluzione (non posso pensare ogni volta di avere sotto mano il codice sorgente da poter reinserire nel post che vado a rieditare
)