Personalemente non uso il javascript della Adobe ma il
swfobject
Con Manbo, non ho ideacome va. Solo con Joomla sono riuscita a aggiungerci flash header in piu template differente. In quel caso ho lavorato diretamente sul index.php del template e sulle file javascript inclusi in joomla.
Come l'hai inserito al momento il filmato flash? script usati?